两步沉淀法可以测定HDL2及HDL3。第一步是测定HDL-C；第二步是使含脂质较多的HDL2沉淀，测定上清中的HDL3-C即可根据总HDL-C计算得HDL2-C。两步沉淀最好使用两种浓度的同一种试剂作沉淀剂。
