标本采集应在病人急性腹泻期或用药前采集，取病人新鲜粪便的脓血或黏液部分，成形便等约蚕豆大小送检。进行粪便的细菌学检测，一方面可以对肠道菌群检测，预防菌群失调;另一方面可从肠道大量的细菌中检出病原菌，这样有助于临床对肠道疾病病原学的诊断和治疗。
