眼标本的细菌学检查是对眼中的细菌进行鉴别，比如沙眼衣原体抗原、角膜病灶刮片等检查方法。角膜病灶刮片检查对棘阿米巴性角膜炎，病灶组织湿片检查可观察棘阿米巴包囊，是确诊、发现棘阿米巴性角膜炎的重要手段。沙眼衣原体感染病人血清中可检出特异性抗体。
