通常情况下微生物、宿主和外界环境三者保持着一种生态平衡关系。如三者出现生态失调，称为菌群失调。正常人肠道中的菌群，主要为厌氧菌，少数为需氧菌，前者约为后者的100倍。存在于肠道的正常菌群为类杆菌、乳杆菌、大肠杆菌和肠球菌等，尚有少数过路菌，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、副大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、产气荚膜杆菌、白色念珠菌等。
