真菌组织病理学是深部真菌感染的重要诊断方法，组织中真菌的鉴定标志着病原学诊断水平。免疫组织化学根据真菌抗原性不同将真菌分类。怀疑真菌性角膜炎而角膜刮片阴性者，可作角膜活检。用尖刀片切取角膜病损组织，或在穿透性角膜移植术时钻取病损组织，用10%甲醛或95%酒精固定，石蜡包埋，切片，染色(HE染色、PAS染色或吖叮橙染色等)。或用2.5%戊二醛固定，做电镜切片，观察真菌的超微结构。