胸腔积液微生物学检查是对葡萄球菌、链球菌、大肠埃希菌、脆弱类杆菌、绿脓杆菌等常见致病菌进行检查的方法。对疑为渗出液的积液，一般需做病原生物学检查。怀疑细菌感染可做细菌培养。结核性胸腔积液，经离心取沉淀物涂片、抗酸染色，镜下可找到抗酸杆菌。化脓性渗出液中的常见致病菌有葡萄球菌、链球菌、大肠埃希菌、脆弱类杆菌、绿脓杆菌等，少数病例可有厌氧菌或放线菌感染。