正常情况下，阴道分泌物中有正常菌群存在，如阴道杆菌、拟杆菌(乳酸杆菌)、链球菌等。这些阴性杆菌的正常菌群在阴道内，可使阴道保持酸性的环境，有利于抵御其他致病菌的入侵。由于阴道组织解剖学特有的结构和生物学的特性，可起防御微生物侵袭的作用。但当某种原因使阴道的防御功能遭到破坏时，病原体即乘虚而入，引发阴道炎等疾病。
