在生理情况下，女性生殖系统具有自然保护功能，因为阴道中存在阴道杆菌，它能保持阴道处于酸性的环境。在检查中如发现有阴道滴虫时，可诊断为滴虫性阴道炎或滴虫感染。当发现有阴道霉菌时可作为霉菌性阴道炎的诊断依据。此外阴道涂片经特殊染色后检查还可发现淋球菌葡萄球菌、大肠杆菌、链球菌、枯草杆菌、类白喉杆菌等，为诊断相关的疾病提供依据。
