对有脑膜刺激症状、疑为神经系统感染性疾病的病人做脑脊液病原学检查具有重要意义。脑脊液直接显微镜检查对新型隐球菌脑膜炎、流行性脑脊髓膜炎(简称流脑)具有临床意义;墨汁涂片见有新型隐球菌，可提示为新型隐球菌性脑膜炎;脑脊液白细胞内见有革兰阴性、凹面相对的双球菌，可初步报告为脑膜炎奈瑟菌引起的流脑;见有抗酸染色阳性杆菌，可提示为结核性脑膜炎。
