HDL主要在肝脏中合成，它的主要生理功能是转运磷脂和胆固醇。高密度脂蛋白是一种抗动脉粥样硬化的脂蛋白，是冠心病的保护因子。能促进外周组织中胆固醇的消除，防止动脉粥样硬化的危险。

高密度脂蛋白分子所携的胆固醇，是逆向转运的内源性胆固醇酯，将其运入肝脏，再清除出血液。高密度脂蛋白从细胞膜上摄取胆固醇，经卵磷脂胆固醇酰基转移酶催化而成胆固醇酯，然后再将携带的胆固醇酯转移到极低密度脂蛋白和低密度脂蛋白上。高密度脂蛋白含有人胆固醇总量的20%～30%。