碱性磷酸酶用聚丙烯酰胺电泳法可分为六型，即ALP1、ALP2、ALP3、ALP4、ALP5、ALP6。碱性磷酸酶同工酶测定对诊断肝胆疾病有一定帮助，尤其是肝癌。国际酶学委员会按碱性磷酸酶同工酶在淀粉胶电泳上的迁移率，从阳极至阴极依次命名为ALP1 、ALP2 、ALP3 及ALP4，但一般习惯还是按同工酶的器官来源而命名的，分别称为肝、骨、小肠、胎盘和胆汁等五种同工酶。